SCIENZE OMICHE IN MICROBIOLOGIA
Anno accademico 2019/2020 - 1° anno
Docente: Viviana Cafiso
Crediti: 6
Organizzazione didattica: 150 ore d'impegno totale, 98 di studio individuale, 28 di lezione frontale, 24 di esercitazione
Semestre: 2°
ENGLISH VERSION
Crediti: 6
Organizzazione didattica: 150 ore d'impegno totale, 98 di studio individuale, 28 di lezione frontale, 24 di esercitazione
Semestre: 2°
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Obiettivi formativi
Fornire gli elementi di base per l'analisi di dati omici ottenuti mediante sequenziamento High-throughput e proteomica in ambito microbiologico.
Modalità di svolgimento dell'insegnamento
Lezioni Frontali, Seminari, Laboratorio
Prerequisiti richiesti
Conoscenze di Microbiologia
Frequenza lezioni
Obbligatoria
Contenuti del corso
Analisi di dati derivanti da sequenziamento High-throughtput e proteomici in ambito microbiologico.
Testi di riferimento
Articoli Scientifici
Programmazione del corso
| Argomenti | Riferimenti testi | |
|---|---|---|
| 1 | Genomica Batterica:Metodi di sequenziamento NGS, formati di file. De-multiplexing, Sequence quality control (FastQC), Read trimming. Strategie e software per read mapping, de novo assembly, samtools, Re-sequencing e variant calling da file bam. Strategie e software per gene prediction and Genome annotation di genomi batterici. | Materiale fornito dal docente |
| 2 | Genomica Batterica: Strumenti web per l'analisi dei genomi batterici, identificazione, studio del viruloma del resistoma in termini di ''acquired'' genes e SNPs. Ricerca e validazione di specifici SNPs mediante High Resolution Meelting. In silico determinazione di MLST, genomic epidemiology ed analisi filogenetiche mediante analisi di whole genome SNPs e core SNPs. | Materiale fornito dal docente |
| 3 | Analisi di RNAomi e trascrittomi batterici da RNA-seq data, read trimming, de-novo transcript assembly, reference genome transcripts assembly, normalizzazione di dati ottenuti da esperimenti diversi, analisi di geni differenzialmente espressi e small non coding RNA, determinazione di operoni mediante tools dedicati ai trascrittomi batterici. Tools per analisi di Enrichment. Analisi statistica dei dati ottenuti mediante EdgeR o software opportuni. Analisi di validazione dei dati mediante real time qPCR. Visu | Materiale fornito dal docente |
| 4 | Gene Ontology: KEGG database, Go-consortium tools, analisi di "functional protein association networks" mediante STRING Consortium Tool. | Materiale fornito dal docente |
| 5 | Microbiomi: Analisi di Targeted Amplicon-Based Next Generation Sequencing delle 16S rDNA and ITS per lo studio dei Microbiomi batterici mediante la generazione di OTU, analisi descrittiva (alpha-diversity and beta-diversity) ed analisi statistica dei microbiomi (QIIME). | Materiale fornito dal docente |
| 6 | Proteoma batterico: spaziale, temporale ed ambientale. Strumenti per lo studio del proteoma (Elettroforesi bidimensionale (2-DE): IEF Separazione per pI (punto isoelettrico), SDS-PAGE (separazione per massa molecolare), Analisi di immagine (scanner), Spettrometria di massa (MALDI-TOF; ESI), Rapporti carica/massa, database Proteici: EMBL, GenBank, SWISS-PROT. | Materiale fornito dal docente |
| 7 | Metagenomica e Metatrascrittomica: Cenni su analisi di base. | Materiale fornito dal docente |
Verifica dell'apprendimento
Modalità di verifica dell'apprendimento
ESAME ORALE
Esempi di domande e/o esercizi frequenti
Metodi di studio dei genomi e trascrittomi batterici